牡丹DNA分子标记研究

序前言第一章 牡丹种质资源研究 第一节 牡丹种质资源 一、牡丹野生种质资源 二、牡丹栽培品种资源 第二节 牡丹种质资源研究进展 一、牡丹种质资源研究方法 二、牡丹野生种质资源亲缘关系研究 三、栽培牡丹与野生种遗传关系的研究 四、牡丹栽培品种研究 五、牡丹核心种质研究 六、牡丹遗传图谱研究 第三节 牡丹DNA分子标记研究意义第二章 DNA分子标记技术概述 第一节 DNA分子标记类型 一、基于Southem杂交的分子标记 二、基于PCR技术的分子标记 三、基于DNA序列和芯片的分子标记 第二节 主要DNA分子标记技术多态性原理及在牡丹中的应用 一、基于通用引物的DNA分子标记 二、基于重复序列的分子标记多态性原理 三、基于反转录转座子的。DNA分子标记多态性原理第三章 DNA分子标记实验技术 第一节 牡丹基因组DNA的提取 一、改良CTAB法提取牡丹基因组DNA 二、SDS法提取牡丹基因组DNA 三、月桂酰基肌氨酸钠提取牡丹基因组DNA 四、牡丹基因组DNA的快速提取方法 第二节 牡丹DNA的定量与纯度检测 一、紫外光谱分析 二、二苯胺显色法分析 三、琼脂糖凝胶电泳检测 四、Nanodtop测定DNA：浓度 五、Oubit测定DNA浓度 第三节 引物设计 一、引物设计的主要步骤 二、引物设计原则 第四节 聚合酶链反应 一、PCR操作步骤 二、PCR反应体系的组成与反应条件的优化 第五节 牡丹DNA分子标记电泳检测方法 一、琼脂糖凝胶电泳检测 二、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 三、DNA银染 第六节 序列的克隆方法 一、扩增产物的回收与纯化 二、LB固、液培养基的制备 三、大肠杆菌感受态细胞的制备 四、回收产物的克隆和转化 五、大肠杆菌质粒的提取及阳性菌检测第四章 牡丹随机扩增多态性DNA分子标记 第一节 RAPD分子标记技术概述 一、RAPD分子标记技术原理 二、RAPD分子标记技术特点 第二节 RAPD分子标记的研究与应用 一、RAPD在植物研究中的应用 二、RAPD在牡丹研究中的应用第五章 牡丹扩增片段长度多态性分子标记 第一节 AFLP分子标记技术概述 一、AFLP分子标记技术原理 二、AFLP分子标记关键技术 三、AFLP分子标记技术特点 第二节 AFLP分子标记的研究与应用 一、AFLP分子标记在植物研究中的应用 二、AFLP分子标记在牡丹研究中的应用 第三节 牡丹品种遗传多样性的AFLP分析 一、材料与方法 二、不同引物组合扩增产物的多态性 三、聚类分析 四、AFLP指纹图谱的特征和不同引物组合的检测效率 五、讨论第六章 牡丹相关序列扩增多态性分子标记 第一节 SRAP分子标记技术概述 一、SRAP分子标记技术原理 二、SRAP分子标记关键技术 三、SRAP分子标记技术特点 第二节 SRAP分子标记的研究与应用 一、SRAP分子标记在植物研究中的应用 二、SRAP分子标记在牡丹研究中的应用 第三节 牡丹SRAPPCR反应体系的建立 一、材料与方法 二、牡丹SRAP反应体系的正交优化结果 三、讨论 第四节 不同花色牡丹品种亲缘关系的SRAP分析 一、材料与方法 二、不同引物组合扩增结果的多态性分析 三、聚类分析 四、主坐标分析 五、讨论第七章 牡丹目标起始密码子多态性分子标记 第一节 SCoT分子标记技术概述 一、SCoT分子标记技术原理 二、SCoT分子标记技术特点 三、SCoT分子标记的研究与应用 第二节 牡丹SCoT分子标记正交优化及引物筛选 一、材料与方法 二、牡丹SCoT反应体系的正交优化分析 三、SCoT_PCR反应体系稳定性验证及引物的筛选 第三节 不同花色牡丹种质资源SCoT分析 一、材料与方法 二、扩增产物多态性分析 三、聚类分析 四、讨论第八章 牡丹保守DNA衍生多态性分子标记 第一节 CDDP分子标记概述 一、CDDP分子标记技术原理 二、CDDP分子标记技术特点 第二节 CDDP分子标记的研究与应用 一、CDDP分子标记在植物研究中的应用 二、CDDP分子标记在牡丹研究中的应用第九章 牡丹简单重复序列分子标记引物开发 第一节 牡丹SSR分子标记引物的开发方法 一、数据库查询 二、磁珠富集法开发SSR引物 三、二代测序技术开发SSR引物 第二节 磁珠富集法开发牡丹SSR标记引物 一、材料与方法 二、微卫星序列分离与分析 三、微卫星引物设计 第三节 基于EST序列开发牡丹SSR标记引物 一、材料与方法 二、牡丹EST_SSR分析 三、牡丹EST_SSR引物的开发与筛选第十章 牡丹简单重复序列分子标记 第一节 SSR分子标记技术概述 一、SSR分子标记研究发展 二、SSR分子标记技术原理 三、SSR分子标记技术特点 第二节 SSR分子标记研究与应用 一、在植物研究中的应用 二、牡丹基因纽中SSR分子标记的频率及分布 三、SSR分子标记在牡丹研究中的应用 第三节 不同牡丹种质资源SSR评价分析 一、材料与方法 二、多态性SSR。引物的筛选 三、SSR扩增产物多态性分析 四、聚类分析 五、讨论第十一章 牡丹简单重复序列区间分子标记 第一节 ISSR分子标记概述 一、ISSR分子标记技术原理 二、ISSR分子标记技术特点 第二节 ISSR分子标记的研究与应用 一、ISSR分子标记在植物研究中的应用 二、ISSR分子标记在牡丹研究中的应用第十二章 牡丹反转录转座子序列的分离第一节 植物反转录转座子 一、植物反转录转座子概述 二、反转录转座子的类型及结构 第二节 牡丹反转录转座子L1R序列的分离 一、巢式PCR方法分离牡丹L,TR序列 二、利用iPBS方法分离牡丹反转录转座子L11R序列 第三节 牡丹LINE类反转录转座子I盯序列的克隆及分析 一、材料与方法 二、PCR反应体系及扩增程序的优化 三、牡丹LINE类反转录转座子RT序列的普遍存在性 四、牡丹LINE类反转录转座子RT序列的分析 五、牡丹LINE类反转录转座子RT序列聚类分析 六、讨论- 第四节 植物LTR类反转录转座子序列分析方法 一、LTR类反转录转座子序列的比对软件 二、L1R类反转录转座子序列的识别鉴定软件 三、LTR类反转录转座子分析识别流程 四、讨论第十三章 牡丹序列特异扩增多态性分子标记 第一节 SSAP分子标记技术概述 一、SSAP分子标记技术原理- 二、SSAP分子标记技术特点第二节 牡丹种质资源SSAP分子标记分析一、材料与方法二、引物筛选三、SSAP多态性分析四、SSAP聚类分析五、DNA指纹图谱构建六、讨论第十四章 牡丹iPBS和RRSAP分子标记 第一节 iPBS分子标记概述 一、iPBS分子标记技术特点 二、iPBS分子标记的研究与应用 第二节 牡丹组野生种(居群)和部分栽培种遗传多样性的iPBS分析 一、材料与方法 二、PCR扩增结果 三、iPBS遗传相似系数分析 四、iPBS聚类分析 五、讨论 第三节 牡丹RRSAP分子标记概述 第四节 部分牡丹种质资源亲缘关系的RRSAP分子标记研究 一、材料与方法 二、引物筛选结果 三、RRSAP分子标记多态性分析 四、RRSAP分子标记相似系数 五、RRSAP分子标记聚类分析 六、讨论第十五章 其他分子标记方法 第一节 基于叶绿体DNA的分子标记 一、叶绿体DNA的结构和特点 二、基于叶绿体DNA的分子标记及应用 三、基于叶绿体DNA的分子标记在牡丹中的应用 第二节 基于核糖体DNA的分子标记 一、核糖体DNA的结构与特点 二、基于核糖体DNA的分子标记在植物中的应用 三、基于核糖体DNA的分子标记在牡丹中的应用参考文献