作者：吴祖建
页数：222
出版社：科学出版社
出版日期：2017
ISBN：9787030278319
电子书格式：pdf/epub/txt
内容简介
《生物信息学分析实践》内容主要包括生物信息学简介、三大数据库检索、引物设计及测序结果分析、核酸序列分析、蛋白质序列分析、蛋白质空间结构预测、系统发育分析、RNA分析。《生物信息学分析实践》的一大特色在于丰富的实例和图表，使读者可以很直观地了解和掌握书中的内容。 《生物信息学分析实践》取材新颖，实践性强，是一本实用的生物信息学分析手册与操作指南，适用于生命科学、农学、医学等相关专业学生使用，也可用于从事生物学相关的科研人员、教师参考使用。
本书特色
适读人群 ：本书适用于生命科学、农学、医学等相关专业学生使用，也可供从事生物学相关科研人员参考。
《生物信息学分析实践》共分七章，内容涵盖了数据库检索、核酸序列分析、氨基酸序列分析、蛋白质空间结构预测、RNA分析等诸多技术问题。在系统阐述原理和方法基础上，突出实战技巧，循序渐进，全面介绍生物学软件及数据库的应用，具有较强的实用性和可操作性。《生物信息学分析实践》图文并茂、通俗易懂，语言生动活泼，表述深入浅出，且大量实例均来自科研实践，具有经典的普适性，是一本实用的生物信息学分析手册与操作指南。
目录
前言
第一章 生物信息学简介
1．1 生物信息学基础
1．1．1 什么是生物信息学
1．1．2 生物信息学的形成与发展
1．1．3 生物信息学的研究内容
1．2 生物信息学应用
1．2．1 生物信息学的热点领域
1．2．2 信息技术与生物信息学
第二章 数据库检索
2．1 综合性数据库NCBI
2．1．1 NCBI简介
2．1．2 NCBI数据库介绍
2．1．3 Entrez简介
2．1．4 Entrez检索实例
2．2 综合性数据库EMBL-EBI
2．2．1 EBI简介
2．2．2 EBI数据库简介
2．2．3 SRS简介
2．2．4 SRS检索实例
2．2．5 BioMart简介
2．2．6 BioMart检索实例
2．3 UCSC基因组浏览器
2．3．1 UCSC基因组浏览器简介
2．3．2 UCSC基因组浏览器检索实例
第三章 引物设计及测序结果分析
3．1 引物设计
3．1．1 概述
3．1．2 常规PCR引物设计实例分析
3．1．3 简并引物设计
3．2 测序结果分析
3．3 序列拼接实例分析
第四章 核酸序列分析
4．1 常规分析
4．1．1 核酸序列的检索
4．1．2 核酸序列组分分析
4．1．3 序列变换
4．1．4 限制性酶切分析
4．2 比对分析
4．2．1 BLAST比对
4．2．2 双序列比对
4．2．3 多序列比对
4．3 基因结构识别
4．3．1 ORF识别及其可靠性验证
4．3．2 启动子及转录因子结合位点分析
4．3．3 重复序列分析
4．3．4 CpG island
4．3．5 3’UTR区
第五章 蛋白质序列分析
5．1 蛋白质序列的基本性质分析
5．1．1 理化性质分析
5．1．2 疏水性分析
5．1．3 跨膜区分析
5．1．4 信号肽预测
5．1．5 Coil区分析
5．1．6 亚细胞定位
5．2 结构域分析及motif搜索
5．2．1 结构域分析
5．2．2 motif搜索
5．3 空间结构预测
5．3．1 蛋白质二级结构预测
5．3．2 蛋白质三级结构预测
5．3．3 蛋白质结构预测方法评价
5．4 抗原表位预测分析
5．4．1 B淋巴细胞抗原表位预测分析
5．4．2 T淋巴细胞抗原表位预测分析
第六章 分子进化与系统发育分析
6．1 进化的分子基础
6．1．1 进化树与分子系统学
6．1．2 相似性与同源性
6．1．3 分子进化
6．2 系统发育分析
6．2．1 DNA和氨基酸序列的进化演变
6．2．2 系统发育树的种类
6．2．3 用于系统发育分析的分子标记选择
6．2．4 常用的构树方法及其甄选
6．2．5 系统发育分析常用软件
6．3 系统发育分析的检验
6．3．1 系统发育分析方法可靠性的评价
6．3．2 系统树的误差分析及消除方法
6．4 系统树的评估
6．5 系统发育分析实例
6．5．1 使用MEGA软件重建NJ树
6．5．2 使用PAUP软件重建NJ树
6．5．3 使用MEGA软件重建MP树
6．5．4 使用PAUP软件重建MP树
6．5．5 使用PAUP软件重建ML树
6．5．6 贝叶斯树
第七章 RNA分析
7．1 RNA简介
7．1．1 RNA的结构
7．1．2 RNA的功能
7．1．3 RNA研究进展与展望
7．2 RNA二级结构
7．2．1 RNA的二级结构概述
7．2．2 RNA二级结构的预测方法
7．2．3 RNA结构预测实例分析
7．3 高效siRNA的设计
7．3．1 RNAi的作用机制
7．3．2 siRNA的设计原则
7．3．3 影响RNAi的其他因素
7．3．4 siRNA的设计步骤
7．3．5 siRNA的合成
7．3．6 siRNA干涉效果的评判
7．3．7 siRNA相关数据库介绍
7．3．8 siRNA设计实例分析
7．4 microRNA分析
7．4．1 microRNA作用机制概述
7．4．2 miRNA功能与研究方法
7．4．3 miRNA生物信息学分析
7．4．4 miRNA及其靶基因预测的实例分析
主要参考文献及网址
附录
附录1 常用生物学数据库
附录2 各种主要的RNA二级结构预测软件比较
附录3 名词解释
彩图
节选
《生物信息学分析实践》： 4．基因芯片 基因芯片是曾被评为1998年世界十大科技突破之一的生物芯片技术的一个分支，基因芯片的工作原理与经典的核酸分子杂交方法（Northern杂交、Southern杂交）是一致的，都是应用已知核酸序列作为探针与互补的靶核苷酸序列杂交，通过随后的信号检测进行定性与定量分析。基因芯片表面集成了大量的分子识别探针，能够在同一时间内平行分析大量的基因，进行高通量的筛选与检测分析（刘炎，2000）。 基因表达图谱的绘制是目前基因芯片应用最广泛的领域，也是人类基因组工程的重要组成部分，它提供了从整体上分析细胞表达状况的信息，而且为了解与某些特殊生命现象相关的基因表达提供了有力的工具，对于基因调控以及基因相互作用机理的探讨有重要作用。另外，基因芯片在基因多态位点及基因突变的检测、基因表达谱分析、基因诊断、药物筛选及序列分析等诸多领域已呈现出广阔的应用前景，发展势头十分迅猛。但是由于制作工艺复杂，配套设施相对昂贵，导致其大规模应用成本过高。 5．生物信息学与医学 生物信息学在医学上的应用通常称为医学生物信息学，是指运用信息学的方法对各种医学和生物学的信息、资料、数据进行搜集、储存、整理计算和分析，形成可再生的资源，为医学科学的发展提供全方位的支持。医学生物信息学的基础是大量的实验和临床数据，建立以疾病为中心，贯穿病理、药理、基因、蛋白、调控等方面的数据库是医学生物信息学的核心。在医学上应用生物信息学研究方法分析生物数据，提出与疾病发生、发展相关的基因或基因群，再进行实验验证，是一条高效的研究途径（来茂德，2004）。目前生物信息学在医学上的应用主要集中在以下几个方面：①临床／分子数据库的建设；②连接当前研究学者所收集的分子信息和当前在病人健康记录中存放的信息；③发展未来的电子医学记录系统；④用临床／分子数据库链接临床试验和药物发现信息；⑤支持基准（benchmark）临床／分子数据库的开发；⑥开发基于疾病分子信息的临床决策支持工具；⑦进行疾病分子的建模和可视化工作。 ……
