微生物关联推断生物信息学研究及应用

作者：朱丛敏

出版社：北京邮电大学出版社

出版日期：2025

ISBN：9787563573981

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内容简介

了解微生物之间以及微生物与环境之间如何交互，是微生物生态学的重要研究课题。然而，由于传统的基于实验室培养的研究方法存在一定局限性，因此，生物学家对真实环境中微生物群落内部的交互了解甚少。宏基因组测序及人工智能技术的发展使得研究人员可以通过分析微生物基因组序列来了解真实环境中微生物的组成和丰度，并构建关联推断算法分析微生物群落中的复杂交互作用。本书首先对微生物宏基因组测序及其分析流程进行介绍，其次详细介绍了构建关联推断算法需要考虑的问题，最后对基于统计和人工智能的多种微生物关联推断算法进行探讨，并阐述了基于自然语言构建微生物关联知识图谱的新思路。在关联推断算法的介绍过程中，本书以基于肠道菌群疾病的辅助诊断和太湖蓝藻水华问题为例，介绍了相关方法在微生物研究中的应用。

作者简介

杨煜清是北京邮电大学信息与通信工程学院特聘副研究员，本科和博士均就读于清华大学计算机科学与技术系，研究方向为机器学习、生物和医疗信息学；任中国自动化学会智能健康与生物信息专业委员会委员。申请人致力于利用人工智能技术解决医学及生物学领域重要科学问题，在联邦学习、超声影像及疾病风险预测、微生物与宿主疾病相互作用等方面均取得一定研究成果。已在Cell Systems、 Genomics, Proteomics and Bioinformatics、RECOMB等顶级期刊和顶级会议发表多篇论文；主持国家自然科学基金青年基金一项，参与多项国自然科学基金。担任European Heart Journal, Bioinformatics, iMeta，BMC Bioinformatics，Quantitive Biology等期刊审稿人；申请十余项专利。