冷泉港蛋白质组学实验手册

简介实验1 全细胞裂解物的双向凝胶电泳和MALDI 质谱分析操作程序1.1 酵母细胞裂解液的制备操作程序1.2 IPG胶条的再水化和等电聚焦操作程序1.3 等电聚焦胶条的平衡操作程序1.4 第二向–SDS.PAGE操作程序1.5 用SYPRO Ruby进行全蛋白染色操作程序1.6 用Pro.Q Diamond进行磷酸化蛋白染色操作程序1.7 用Pro.Q Emerald进行糖蛋白染色操作程序1.8 用考马斯亮蓝进行全蛋白染色操作程序1.9 用质谱兼容的银染进行全蛋白染色操作程序1.10 2D胶的图像分析和蛋白质回收操作程序1.11 胶内酶切操作程序1.12 MALDI点靶29实验2用于质谱分析的蛋白质复合物的纯化操作程序2.1 培养并收集TAP标记的酵母细胞操作程序2.2 为纯化TAP标记蛋白质复合物制备酵母细胞抽提物操作程序2.3 第一步亲和富集–利用IgG亲和色谱从酵母抽提物中捕获TAP标记的蛋白质复合物操作程序2.4 第二步亲和富集–TAP.标记的蛋白质复合物的钙调蛋白亲和色谱操作程序2.5 与磁珠的结合操作程序2.6 蛋白质复合物的亲和纯化实验3 用MALDI TOF/TOF串联质谱进行肽的定性和定量分析操作程序3.1 实验描述实验4 蛋白质复合物分析–高灵敏液相色谱与串联质谱联用操作程序4.1 HPLC柱毛细管的制作操作程序4.2 填装微毛细管FSC柱操作程序4.3 微毛细管RP.HPLC与ESI.质谱联用实验5 用IMAC和质谱分析磷酸化肽操作程序5.1 制备IMAC样品操作程序5.2 制备IMAC柱和反相捕获柱（前柱）操作程序5.3 制备IMAC柱操作程序5.4 样品处理实验6 全细胞裂解物的多维蛋白质鉴定技术分析操作程序6.1 使用多维蛋白质鉴定技术分析全细胞裂解物实验7 全细胞提取物的定量质谱检测技术(iTRAQ)操作程序7.1 从酵母细胞制备肽操作程序7.2 以iTRAQ试剂标记肽操作程序7.3 应用反向色谱柱提纯肽操作程序7.4 多肽等电聚焦95实验8串联质谱数据的分析及确认操作程序8.1 使用Global Proteome Machine系统分析LC.MS/MS数据操作程序8.2 使用ProteinPilot软件进行肽段和蛋白质鉴定操作程序8.3 对数据库检索程序鉴定为能够匹配肽段序列的MS/MS谱图进行评价118实验9 开放阅读框的高通量克隆–构建大量表达结构操作程序9.1 利用Gateway LR反应构造表达结构操作程序9.2 用Gateway LR反应产物化学转化感受态细菌实验10 蛋白质微阵列的构建–核酸可编程性蛋白质阵列操作程序10.1 用氨基甲硅烷包被载玻片操作程序10.2 在96孔板中制备细菌的培养物操作程序10.3 从96孔板中分离质粒DNA操作程序10.4 DNA的生物素化、沉淀及样品布阵操作程序10.5 NAPPA载玻片上蛋白质的表达操作程序10.6 检测NAPPA载玻片上的蛋白质操作程序10.7 在NAPPA芯片上测定DNA151实验11 使用核酸可编程性蛋白质阵列鉴定蛋白质.蛋白质相互作用操作程序11.1 NAPPA芯片与查询蛋白共表达操作程序11.2 在NAPPA芯片上检测查询蛋白附录1 钠升电喷雾电离离子源和串联质谱装置和示范附录2 溶液内蛋白质的消化附录3 凝胶内胰酶消化已分离蛋白附录4 三氯乙酸蛋白质沉淀法附录5 氨基酸的单同位素和亚铵离子分子量附录6 氨基酸二肽分子量附录7 LTQ离子阱的使用方法附录8 肽段混合物离线去盐附录9 感受态细胞的制备附录10 DNA的定量附录11 注意事项索引