单细胞组学基础

目录序前言本书使用说明第一章 绪论 1第一节 单细胞组学概述 1一、单细胞组学概念与研究对象 1二、单细胞组学发展历史 8第二节 单细胞组学技术优势及其应用 13一、技术优势及其覆盖领域 13二、领域应用概况 14第三节 单细胞组学展望与挑战 17一、单细胞组学发展趋势 17二、单细胞组学面临的主要挑战 18学科先锋 我的导师汤富酬 19第二章 单细胞分选与测定技术 21第一节 单细胞样本制备 21一、样本类型与要求 21二、悬液制备及分选 23第二节 单细胞转录组测序文库制备与测序技术 28一、单细胞转录组测序文库制备 28二、单细胞转录组测序技术 29第三节 单细胞基因组及表观组测序技术 35一、单细胞基因组测序技术 35二、单细胞三维基因组测序技术 40三、单细胞表观组测序技术 42第四节 单细胞蛋白质组和代谢组测序技术 46一、单细胞蛋白质组测序技术 46二、单细胞代谢组测序技术 50学科先锋 我的导师David Weitz 52第三章 空间组学成像与测定技术 54第一节 单细胞空间转录组学技术 54一、单细胞空间转录组学技术原理 54二、单细胞空间转录组实验流程 60第二节 其他空间组学技术 65一、空间基因组学技术 65二、空间代谢组学技术 67三、空间多组学技术 68学科先锋 超高分辨率时空组学技术Stereo-seq横空出世 73第四章 单细胞转录组数据基础分析 75第一节 测序数据预处理、比对与表达定量 75一、测序数据基本分析流程 75二、条形码和UMI分析 76第二节 表达矩阵质控与优化 78一、质控 78二、标准化与归一化 83三、数据优化 85第三节 特征基因选择、降维与聚类 88一、特征基因选择 88二、降维 89三、聚类 90第四节 标记基因鉴定与细胞类型注释 90一、标记基因鉴定 90二、细胞类型注释 91学科