作者：苏纪勇,姚圆
页数：276
出版社：北京大学出版社
出版日期：2020
ISBN：9787301315286
电子书格式：pdf/epub/txt
内容简介
本书从实用的角度出发介绍了如何解析蛋白质晶体结构。全书分为6章，主要内容包括蛋白质结晶的方法、蛋白质晶体衍射数据收集、蛋白质晶体结构解析软件的安装和使用、蛋白质晶体结构文件提交到PDB的步骤及使用软件呈现蛋白质结构的方法。本书贴近实际操作，避开了各种深层次物理原理和数学知识，更多地讲解了软件操作流程与如何根据参数指标分析蛋白质晶体解析结果，易于具有生物科学背景的研究者理解；适用于蛋白质晶体结构研究领域的初学者和具备一定实验经验的研究者。
作者简介
苏纪勇，东北师范大学生命科学学院副教授。德国图宾根大学生物学专业博士，德国马克斯普朗克遗传与发育研究所博士后。主要研究与糖类相互作用的蛋白质，包括半乳糖凝集素家族、C型凝集素、糖苷水解酶和糖苷转移酶等。
本书特色
本书主要对蛋白质结构的解析原理、流程与操作步骤进行了详细而系统的介绍，包括蛋白质纯化结晶、蛋白质晶体衍射数据收集、相关软件的安装和使用、蛋白质晶体结构文件提交到PDB数据库的步骤与使用可视化软件呈现蛋白质晶体结构的方法。文字简明易懂，配以大量图片方便读者理解。同时为了利于读者的实际操作，书中简化了深奥复杂的理论方程与公式，着重讲解蛋白质解析的实践流程，对于需要了解、学习蛋白质晶体解析的生物科技背景研究人员而言具有较高的参考价值。
目录
第一章 蛋白质结晶前准备
第一节 目的蛋白质信息检索与调查
第二节 质粒制备
第三节 蛋白质纯化
第四节 蛋白质不表达和包涵体问题
第五节 蛋白质活性鉴定
第六节 蛋白质结晶前分析
第二章 蛋白质结晶与衍射数据收集
第一节 蛋白质结晶
第二节 蛋白质晶体衍射数据收集
第三章 蛋白质晶体结构解析软件安装
第一节 Linux系统安装
第二节 蛋白质晶体结构解析软件安装
第四章 Index、integrate与scale
第一节 一些晶体结构学知识
第二节 蛋白质晶体结构解析流程
第三节 Index和integrate
第四节 Scale
第五节 使用XSCALE功能进行scale
第六节 使用HKL2000进行index、integrate和scale
第五章 分子置换、构建优化与结构提交
第一节 分子置换
第二节 蛋白质晶体结构构建
第三节 蛋白质晶体结构优化
第四节 蛋白质晶体结构验证
第五节 蛋白质晶体结构提交到PDB
第六章 蛋白质晶体结构展示
第一节 pdb格式文件简介
第二节 PyMOL制作蛋白质晶体结构图
第三节 使用PyMOL制作蛋白质配体结合位点的信息
第四节 使用PyMOL调查蛋白质的温度因子B-factors
第五节 使用PyMOL重叠对比不同的蛋白质晶体结构
第六节 使用PyMOL显示蛋白质晶体结构中配体的电子密度图
第七节 PyMOL结合Chimera实现同时显示非对称单元的蛋白质分子
参考文献
第一节 目的蛋白质信息检索与调查
第二节 质粒制备
第三节 蛋白质纯化
第四节 蛋白质不表达和包涵体问题
第五节 蛋白质活性鉴定
第六节 蛋白质结晶前分析
第二章 蛋白质结晶与衍射数据收集
第一节 蛋白质结晶
第二节 蛋白质晶体衍射数据收集
第三章 蛋白质晶体结构解析软件安装
第一节 Linux系统安装
第二节 蛋白质晶体结构解析软件安装
第四章 Index、integrate与scale
第一节 一些晶体结构学知识
第二节 蛋白质晶体结构解析流程
第三节 Index和integrate
第四节 Scale
第五节 使用XSCALE功能进行scale
第六节 使用HKL2000进行index、integrate和scale
第五章 分子置换、构建优化与结构提交
第一节 分子置换
第二节 蛋白质晶体结构构建
第三节 蛋白质晶体结构优化
第四节 蛋白质晶体结构验证
第五节 蛋白质晶体结构提交到PDB
第六章 蛋白质晶体结构展示
第一节 pdb格式文件简介
第二节 PyMOL制作蛋白质晶体结构图
第三节 使用PyMOL制作蛋白质配体结合位点的信息
第四节 使用PyMOL调查蛋白质的温度因子B-factors
第五节 使用PyMOL重叠对比不同的蛋白质晶体结构
第六节 使用PyMOL显示蛋白质晶体结构中配体的电子密度图
第七节 PyMOL结合Chimera实现同时显示非对称单元的蛋白质分子
参考文献
